Công tác bảo quản của Bảo tàng Cần Thơ đảm nhiệm 2 nhiệm vụ quan trọng: bảo quản phòng ngừa và bảo quản xử lý kĩ thuật trên hiện vật.

Bảo tàng là thiết chế văn hóa đặc thù với các hoạt động dựa trên cơ sở hiện vật gốc. Trong các khâu hoạt động bảo tàng: nghiên cứu, sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày, thuyết minh, công tác nào cũng được xem là cần thiết. Mọi khâu công tác nghiên cứu của bảo tàng đều liên quan đến hiện vật gốc. Do vậy, công tác sưu tầm hiện vật có thể xem là khâu tiền đề vật chất cho toàn bộ hoạt động của bảo tàng. Nếu không có công tác sưu tầm hiện vật gốc thì sẽ không có hoạt động nào khác của bảo tàng.