Các hoạt động chính của Bảo tàng TP. Cần Thơ: Nghiên cứu khoa học; sưu tầm, tư liệu hóa tài liệu, hiện vật và di sản văn hóa phi vật thể; kiểm kê, bảo quản tài liệu, hiện vật; trưng bày, triển lãm tài liệu, hiện vật và giới thiệu di sản văn hóa vật thể, phi vật thể; tuyên truyền, giáo dục và tổ chức truyền thông của bảo tàng.