Bảo tàng thành phố Cần Thơ có 04 phần trưng bày cố định và 01 phòng trưng bày chuyên đề:

Phần 1: Gian long trọng

Giới thiệu về Chủ tịch Hồ Chí Minh - Danh nhân văn hóa thế giới và các bậc danh nhân như: Thủ khoa Bùi Hữu Nghĩa, Cử nhân Phan Văn Trị, Bí thư An Nam Cộng sản Đảng Châu Văn Liêm, Giáo sư-Viện sĩ-Nhạc sĩ Lưu Hữu Phước cùng danh sách tập thể, cá nhân anh hùng và Mẹ Việt Nam anh hùng của Cần Thơ.

Phần 2: Đất nước con người Cần Thơ

Giới thiệu lịch sử, địa danh, địa giới hành chính và tài nguyên thiên nhiên của Cần Thơ, văn hóa Óc Eo và một số đặc trưng trong văn hóa của 3 dân tộc Việt, Hoa, Khmer.

Phần 3: Lịch sử chống ngoại xâm:

Giới thiệu sự ra đời của Đảng Cộng sản Việt Nam và tổ chức Đảng ở Cần Thơ; 02 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ của quân dân Cần Thơ.

 Phần 4: Thành tựu kinh tế, văn hóa, xã hội của Cần Thơ:

Giới thiệu những thành tựu trên các lĩnh vực kinh tế, văn hóa, xã hội, an ninh quốc phòng của Cần Thơ từ 1975 đến nay.

Phòng trưng bày chuyên đề

Mỗi năm thực hiện 03 chuyên đề mới để phục vụ cho đông đảo công chúng trong và ngoài nước đến tham quan.